Ich habe von der ersten bis zur 6. Klasse evangelischen Religionsunterricht besucht und später in der 9. und 10. den katholischen, weil die Lehrerin so toll war. Ich bin nicht gläubig, ungetauft und wurde absolut konfessionslos und unreligiös erzogen.
Angefangen habe ich mit dem Unterricht übrigens auf Wunsch meiner Mutter (9. und 10. Klasse hab ich dann entschieden), aus den gleichen Gründen wie du sie hattest.
Wir haben tatsächlich viel mit der Bibel gearbeitet, nebenher vor allem das Judentum und den Islam betrachtet und auch zwischenmenschliche Dinge besprochen. Aber die Hauptsache war natürlich, die - in dem Fall - evangelische Religion. So heisst ja auch das Unterrichtsfach. Ich finde das auch gar nicht schlimm. Auch, wenn ich nicht an Gott glaube, so ist die Bibel für mich trotzdem eine bunte Mischung aus Geschichts- und Märchenbuch, in die man einen Einblick haben sollte. Das ist ja auch Stück weit Allgemeinbildung und außerdem ist es doch tatsächlich die Bibel, die mit ihren Geschichten und Geboten einen großen Grundsatz unseres - kofessionslosen - Verständnisses für's Miteinander ausmacht. Dass das im Religionsunterricht mit dem großen Wort Gott erklärt wird, ist nun einmal so.
Wenn du damit Probleme hast, dann erkläre deiner Tochter in Ruhe, dass ihr zu Hause nicht an Gott glaubt. Entscheidet sie sich, den Weg des Glaubens zu gehen, dann ist das so. In dem Alter haben Kinder häufiger die genau entgegengesetzte Meinung der Eltern. "Gott gibt's nicht!" "Doch!" Würdet ihr einer Reliogion angehören würde sie vielleicht genau in die andere Richtung "rebellieren".
Lass sie am Unterricht teilhaben, wenn sie Spaß daran hat. Ich fänd's auch gar nicht schlimm, wenn du da zu Hause trotzdem ganz genau dein Territorium absteckst.