Warum habt ihr sie denn dann am Reliunterricht angemeldet? Meine Meinung dazu ist, dass wenn Kinder am Religionsunterricht teilnehmen, dann auch richtig. Es wäre schließlich den anderen Kindern gegenüber nicht ganz fair, wenn deine Tochter als einzige das Gebet nicht lernen soll. Vielleicht würde sie sich mit dieser "Sonderbehandlung" sogar unwohl fühlen. Deine Tochter hat sich mit der Aufgabe, das Vaterunser zu lernen, kein Problem, oder?
Zu deiner Frage im Bezug auf die Lehrerin: Sie handelt absolut legitim, es ist völlig normal und im Sinne des Bildungsplanes, dass im christlichen/katholischen Religionsunterricht auch gebetet wird. Wenn du das nicht möchtetst, musst du sie wohl vom Unterricht wieder abmelden.